อาการของการแพ้โปรตีนนมวัวอาจเกิดขึ้นทันที หรือเกิดหลังจากกินนมไปแล้วหลายชั่วโมง หรืออาจจะนานเป็น 7-10 วันก็ได้ โดยอาการจะเกิดขึ้นกับ 3 ระบบ ได้แก่...

1.) ทางเดินอาหาร   มีอาการปวดท้อง ท้องเดิน อาเจียน มีเลือดปนมากับอุจจาระ

2.) ทางเดินหายใจ   มีน้ำมูกไหล คัดจมูก หลอดลมอักเสบ เป็นหวัดบ่อย หายใจมีเสียงวี้ด

3.)  ผิวหนัง    มีผื่นแดง ผื่นคัน ลมพิษ ผิวหนังอักเสบเป็นตุ่มพอง ตกสะเก็ด      

ซึ่งอาการอาจแสดงออกทางระบบร่างกายเพียงระบบเดียวหรือหลายระบบพร้อมกันก็ได้  อีกทั้ง เด็กอาจจะน้ำหนักไม่ขึ้น เนื่องจากได้รับสารอาหารไม่เพียงพอต่อความต้องการ โดยอาการต่างๆ ที่เกิดขึ้นจากอาการแพ้โปรตีนนมวัวนี้ จะส่งผลต่อการเรียนรู้และพัฒนาการของเด็ก

คุณแม่มือใหม่ควรหมั่นสังเกตอาการของลูกหลังดื่มนมว่ามีความผิดปกติใดๆ เกิดขึ้นบ้างหรือไม่ เพื่อที่จะได้ดำเนินการรักษาได้อย่างถูกต้อง ซึ่งหากได้รับการรักษาที่ถูกต้องและเหมาะสม อาการแพ้โปรตีนนมวัว จะสามารถหายไปได้เมื่อเด็กโตขึ้น โดยมีงานวิจัยพบว่า เด็กประมาณ 50 % หายจากอาการนี้ภายในช่วงขวบปีแรก และเด็ก 80-90% หายจากอาการนี้ภายในอายุ 5 ปี